כשיש בחשבון שופיפיי יותר מאמצעי תשלום אחד — למשל כרטיס אשראי ו-PayPal — רק אחד מהם מוגדר כ-primary ועליו ירוצו כל החיובים העתידיים: חידוש מנוי חודשי, דמי עסקאות, עלויות Shopify Payments, ורכישות מה-App Store. שינוי ה-primary נעשה מתוך Billing בהגדרות האדמין דרך תפריט הנקודות (⋯) שמופיע כשיש שלושה אמצעים או יותר.
בחנות ישראלית שמשלמת ל-Shopify בדולרים, כדאי לוודא שה-primary הוא כרטיס שמאפשר חיוב במטבע זר בלי עמלות גבוהות, ושתאריך התפוגה שלו מעודכן — חיוב שנכשל עלול להקפיא את החנות עד לפתרון הבעיה.