חשבון Shopify הוא הישות המרכזית שמעל החנות — אפשר לנהל תחתיו מספר חנויות, לעבור ביניהן בלי להתנתק, ולהגדיר פרטי תשלום, כתובת חיוב ומינוי אחד לכל חנות בנפרד. דף ניהול החשבון מגיע דרך `shopify.com/account` (נפרד מה-Admin של החנות) ומכיל פרטים אישיים, ניהול סיסמה, אימות דו-שלבי, וחנויות מקושרות.
בהקשר ישראלי כדאי לדעת שפרטי החיוב של Shopify (כרטיס אשראי לתשלום דמי המינוי) מנוהלים ברמת החשבון, לא ברמת החנות. אם מוסיפים שותף עסקי כ-Staff member לחנות — הוא מקבל גישה לאדמין אבל לא לפרטי החיוב ולהגדרות החשבון הכוללות. חשוב להגדיר אימות דו-שלבי (2FA) על החשבון הראשי כדי למנוע השתלטות עליו.