כל דומיין שרשום ישירות דרך Shopify מנוהל תחת חשבון הסוחר הראשי, ואת הגישה לו אפשר לראות תחת Admin → Settings → Domains. בעלות על הדומיין כוללת ארבעה ממדים: רישום (מי הרשום ב-WHOIS כ-Registrant), שליטה ב-DNS (שינוי A record, CNAME, MX), חידוש אוטומטי (כרטיס אשראי פעיל מחובר), והתראות תפוגה — כולם צריכים להיות תחת שליטת הבעלים האמיתי של העסק, לא של פרילנסר או סוכנות.
בחנויות ישראליות הבעיה הנפוצה היא דומיין שנרשם על ידי בונה האתר ולא הועבר בסיום הפרויקט. אם הדומיין רשום אצל ספק חיצוני (כגון GoDaddy, Namecheap, או IsraelDomains), Shopify תצטרך לקבל הפניית DNS בלבד — ובמקרה כזה חובה שסיסמת הספק ופרטי ה-WHOIS יהיו בידי הסוחר עצמו, לא אצל גורם שלישי.