ב-Shopify Admin תחת Settings → Billing, בעל החנות יכול לנהל את אמצעי התשלום המוגדר לחיובי Shopify עצמה — דמי המנוי החודשי, עמלות אפליקציות, ותוספות כמו Shopify Email או Shopify Markets. ניתן להוסיף כרטיס אשראי חדש, להגדיר PayPal כאמצעי גיבוי, ולהסיר אמצעים ישנים. שינוי האמצעי לא משפיע על שיטות התשלום שהחנות מציעה ללקוחותיה.
בחנויות ישראליות כדאי לוודא שכרטיס האשראי המוגדר מאפשר חיובים בינלאומיים בדולר — Shopify גובה בדולר ארה"ב ולא בשקלים. חיובים שנכשלים (כרטיס פג תוקף, חריגה ממסגרת) גוררים נעילת חנות אחרי תקופת חסד קצרה, ולכן מומלץ לקבוע תזכורת ביומן לפני תאריך תפוגת הכרטיס.