כאשר Shopify POS מאפשר פיצול תשלום, כל אמצעי תשלום נרשם בנפרד בקבלה ובדוחות הקופה. הזמנה יכולה להישאר במצב "משולמת חלקית" (partially paid) אם הלקוח שילם רק חלק מהסכום — במצב זה על החנות לנהל מעקב פעיל אחר גביית היתרה, בין שדרך Draft Order ובין שדרך Payment Request נפרד.
בחנות ישראלית עם POS, תשלומים מרובים נפוצים כשלקוח משלם בשילוב של מזומן, כרטיס ונקודות מועדון. חשוב לוודא שמערכת הנהלת החשבונות (חשבשבת, פריוריטי) מקבלת את כל רכיבי התשלום בנפרד ולא כסכום מאוחד, כדי שהפקת חשבוניות מס ודוחות הכנסה יהיו תקינים מול רשות המסים.