כאשר הזמנה קיימת דורשת חיוב ידני — למשל תשלום חלקי שנותר פתוח, חיוב על מוצר שנוסף לאחר מכן, או כרטיס מקורי שנכשל — Shopify מאפשרת לגבות מכרטיס חדש ישירות מתוך דף ההזמנה באדמין. הגבייה מתבצעת על ידי הזנת פרטי הכרטיס ידנית, ללא קשר לאמצעי התשלום המקורי של הלקוח.
בחנויות ישראליות חשוב לוודא שספק הסליקה המחובר לחנות (כגון פאי, Cardcom או Stripe) תומך בגבייה ידנית מכרטיסים חדשים ישירות מהאדמין. לפני ביצוע הגבייה מומלץ לאמת את כתובת החיוב מול הלקוח ולוודא שהסכום המדויק נכון — עסקאות שגויות עלולות לגרור עמלות ביטול ותהליך החזר מיותר.