בניגוד ל-Shopify Payments שמעבד את התשלום בתוך ה-Checkout עצמו, שערי תשלום חיצוניים כמו PayPal, Bit, או סליקה ישירה דרך חברת האשראי מפנים את הלקוח לדומיין אחר לביצוע התשלום. לאחר האישור, הלקוח מוחזר לחנות ו-Shopify מקבלת אישור מהשער. היתרון הוא שהסוחר לא מאחסן פרטי כרטיס אשראי בכלל; החיסרון הוא שהמעבר בין דומיינים יוצר נקודת נטישה נוספת.
בחנויות ישראליות שמשתמשות בשערי תשלום מקומיים (פאי, קארדקום, גרין-אינווייס, ירידן) חשוב לבצע בדיקת Checkout מלאה לפני פרסום — כולל תרחישי שגיאה (כרטיס נדחה, חזרה מהשער באמצע). שערים מסוימים לא מזהים שורת טיפ, עמלות או הנחות שמוגדרות ב-Shopify, ועלולים להחזיר סכום שונה ממה שהוצג ללקוח.