ב-Shopify Plus ובמבנים מרובי-חנויות קיים מושג של Organization — ישות-על שמכילה מספר חנויות. תפקיד Organization administrator ניתן למשתמש ספציפי ומאפשר לו לנהל גישות, לאשר בקשות חדשות ולהגדיר הרשאות בכלל החנויות שתחת הארגון. זה שונה מ-Store owner שסמכותו מוגבלת לחנות אחת, ושונה מ-Organization owner שמחזיק בבעלות הכוללת ובאמצעי התשלום.
בחברה ישראלית שמנהלת מספר חנויות (למשל חנות קמעונאות, חנות B2B וחנות outlet נפרדות) כדאי למנות Organization administrator לאחראי IT או למנהל הפעילות הדיגיטלית — זה מונע מצב שבו כל בקשת גישה של עובד חדש תלויה בזמינות של בעל העסק עצמו.