ב-Shopify ניתן לקבץ מספר חנויות תחת ארגון אחד (Organization), ובעל הארגון הוא הדרג הגבוה ביותר בהיררכיה הזו. שלא כמו חברי צוות רגילים שנספרים במכסה לפי תוכנית המנוי, בעל הארגון אינו נחשב חלק ממכסת הצוות — הוא תמיד קיים מעל המגבלות הרגילות. הוא יכול להוסיף ולהסיר חנויות מהארגון, לנהל הגדרות Organization-level ולגשת לכל חנות בארגון.
בעסק ישראלי שמפעיל מספר חנויות (למשל חנות B2C, חנות B2B וחנות מכירות פלאש נפרדות) חשוב שבעל הארגון יהיה גורם מוסדי כמו חשבון חברה ולא אימייל אישי של עובד — כי החלפת בעל ארגון דורשת פנייה לתמיכת Shopify ועלולה לעכב גישות קריטיות אם העובד עוזב.