כאשר תשלום מעובד ישירות דרך Shopify Payments או שער תשלום מחובר, הסטטוס Paid מוגדר אוטומטית ומחובר לרשומת העסקה בהזמנה. לעומת זאת, כאשר התשלום מתבצע מחוץ למערכת — למשל דרך מסוף חיצוני ב-POS, העברה בנקאית, או תשלום במזומן — נדרשת סימון ידני של ההזמנה כ-Paid על ידי הצוות.
בחנויות ישראליות עם נקודות מכירה פיזיות (שופיפיי POS) שמשתמשות במסופי סליקה חיצוניים (כגון מסופי Pele Card, CAL או Leumi Card שאינם מחוברים ישירות), הסימון הידני הוא פרוצדורה קריטית. שגיאה בתהליך — למשל שכחה לסמן Paid לאחר אישור המסוף — יוצרת הזמנה שבפועל שולמה אך מערכת שופיפיי מתייחסת אליה כתלויה, מה שעלול לגרום לבלבול במלאי, בהפקת חשבוניות ובדוחות הכספיים.