Shopify מציעה תוכנית Pause and Build שמורידה את דמי המנוי לסכום סמלי ומאפשרת לגשת לאדמין ולערוך מוצרים — אך חוסמת רכישות חדשות מהלקוחות. זוהי האופציה המומלצת לעונתיות, לחופשות ארוכות, או לתקופת בנייה מחדש. סגירה מלאה לעומת זאת מבטלת את המנוי, מנתקת דומיין ומתחילה טיימר של 30–90 יום לפני שהנתונים נמחקים לצמיתות.
בחנות ישראלית יש לשים לב לכמה נקודות לפני השהיה או סגירה: לייצא את כל הנתונים (הזמנות, לקוחות, מוצרים) כ-CSV מראש, לוודא ביטול של אפליקציות שגובות מנוי עצמאי שלא נקשר למנוי Shopify, ולוודא שהדומיין הישראלי (.co.il) משוחרר ולא ננעל לחנות הסגורה. ביטול ללא ייצוא מראש עלול לגרום לאובדן היסטוריית הזמנות שנדרשת לצרכי מס.