בתהליך ה-Checkout של Shopify שלב התשלום הוא המסך האחרון לפני אישור ההזמנה. בו מוצגים כל אמצעי התשלום שהוגדרו בחנות: כרטיס אשראי דרך Shopify Payments או ספק חיצוני, PayPal, Buy Now Pay Later, ארנקים דיגיטליים (Apple Pay, Google Pay) ותשלום בקצה-מסלקה. Shopify מנהלת את האבטחה של שלב זה ברמת PCI-DSS כך שנתוני הכרטיס לעולם לא עוברים דרך שרתי החנות.
בחנות ישראלית חשוב לוודא שספק הסליקה תומך בש"ח (ILS), שהטקסטים של שלב התשלום מתורגמים לעברית (כולל הודעות שגיאה כמו "מספר כרטיס שגוי"), ושאפשרויות תשלום כמו תשלומים ב-Credit Guard, פאי, או Cardcom מוגדרות כ-Payment providers חיצוניים. אם משאירים כיתובים קריטיים כמו Billing address באנגלית בלבד בחנות עברית — שיעורי הנטישה בקופה עולים.