תהליך התשלום בשופיפיי מחולק לשני שלבים: Authorization (הרשאה) — הבנק מאשר שיש כסף ו"שומר" אותו — ו-Capture (לכידה) — הכסף אכן עובר. ניתן להגדיר את החנות ללכוד אוטומטית ברגע הרכישה, או ידנית לאחר בדיקת מלאי ואישור. הסטטוס Payment captured מופיע בפאנל הפיננסי של כל הזמנה ומשמעותו שהעסקה הושלמה מבחינת ספק הסליקה.
בשגרת חנות ישראלית, בדיקת Payment captured בסוף יום היא בקרת ייצור קריטית: הזמנה שנמצאת ב-Unfulfilled אבל לא ב-Payment captured עלולה להצביע על תשלום שנכשל, charge-back פתוח, או בעיה בספק הסליקה המקומי. לפני שמוציאים ממלאי ומכינים משלוח, כדאי לוודא שהסטטוס הפיננסי ירוק — במיוחד בהזמנות גדולות או בימי מבצע עמוסים.