PayPal Express מאפשר ללקוח לאשר תשלום מתוך חשבון ה-PayPal שלו — כולל יתרה, כרטיסים שמורים וחשבון בנק מקושר — ולחזור אוטומטית לקופה של Shopify עם פרטי המשלוח שכבר שמורים אצל PayPal. זה מקצר את תהליך ה-Checkout ומוריד חיכוך, במיוחד מהמובייל. ב-Shopify הוא נחשב לאחד משערי התשלום הנתמכים רשמית לאפליקציות מנויים.
בישראל PayPal Express נפוץ בחנויות שמוכרות ללקוחות בינלאומיים, אבל פחות נפוץ כשיטת תשלום ראשית לקהל ישראלי — רוב הישראלים מעדיפים כרטיס אשראי ישיר. חשוב לדעת שעמלות PayPal Express נגבות על גבי עמלות שופיפיי, וההתנהלות מול מחלוקות (disputes) עוברת דרך PayPal ולא דרך Shopify Payments — מה שמסבך מקרי החזר חיוב (chargebacks).