Shopify מחלקת את יכולותיה בין תוכניות כדי להתאים עלות לצרכי חנות. חלק מהתכונות כמו קבוצות משתמשים (Groups), ממשקי B2B, Custom Checkout ו-Launchpad זמינות אך ורק בתוכנית Shopify Plus. תכונות אחרות כמו דוחות מתקדמים פתוחות מ-Advanced ומעלה, ויש שפתוחות לכולם. לפני שמתכננים פיצ'ר בחנות, חשוב לאמת את דרישת התוכנית בתיעוד הרשמי כדי לא להיכנס לפיתוח שדורש upgrade.
בחנויות ישראליות הדרישה הנפוצה ביותר שמפתיעה סוחרים היא ש-Shopify Plus נדרש לא רק לנפח מכירות — אלא גם לתכונות ארגוניות ספציפיות כמו מחירי B2B לפי לקוח, הרחבות Checkout מותאמות, וניהול ריבוי חנויות תחת ארגון אחד. המחיר של Plus גבוה משמעותית מ-Advanced, ולכן חשוב להבין אם הדרישה הארגונית מצדיקה את ההשקעה.