Shopify POS היא האפליקציה שמחברת בין החנות הדיגיטלית לבין מכירה פיזית בחנות, דוכן, שוק או אירוע. הגדרת נקודת המכירה כוללת: הגדרת מיקומים (Locations) ויחסם למלאי, שיוך מכשיר POS לסניף, הגדרת שיטות תשלום (כולל מזומן, Shopify Payments, ואמצעי סליקה חיצוניים), הרשאות צוות לפי תפקיד, ומדפסות קבלות. כל שינוי ב-POS מתעדכן אוטומטית גם בחנות האונליין, כי המלאי משותף.
בישראל, הגדרת POS דורשת תשומת לב לכמה נקודות ספציפיות: חוקי חשבונית ישראליים מחייבים הפקת מסמך כחוק לכל מכירה, ולכן יש לשלב אפליקציית חשבוניות מאושרת (כמו Green Invoice או iCount) שעובדת עם Shopify POS. בנוסף, אם יש יותר מסניף אחד, חשוב להגדיר Stock Transfers בין מיקומים ולוודא שכל סניף רואה רק את המלאי שלו.