כאשר לקוח שילם בדרך שאינה מקוונת — העברה בנקאית, ביט, פייבוקס, מזומן במסירה — ה-Checkout של שופיפיי לא יכול לאמת זאת אוטומטית. במקום זה, הסוחר נכנס להזמנה, בוחר Collect payment ← Record payment, מזין את הסכום שהתקבל (מלא או חלקי), בוחר את אמצעי התשלום הידני (manual payment method) ומאשר. פעולה זו מסמנת את ההזמנה כמשולמת חלקית או מלאה ויוצרת רישום כספי לצורכי דיווח — אך Shopify לא גבתה ולא העבירה שקל.
בחנויות ישראליות שמציעות תשלום ב-B2B, שוברים עסקיים, או מסחר סיטונאי — Record payment הוא כלי שגרתי. חשוב לדעת שהוא לא מחליף הנהלת חשבונות: הרישום ב-Shopify לא מייצר חשבונית מס ישראלית, ולא מדווח לרשות המסים. יש לשלב אותו עם אפליקציית חשבוניות (כמו Greeninvoice) שתיצור את המסמך הנדרש בנפרד.