כאשר סוחר מחליף דומיין ראשי או רוצה לאחד כמה כתובות תחת כתובת אחת, הדומיינים הישנים מוגדרים כ-Redirect domains. Shopify מנהלת את ההפניה בשרת עצמה — הלקוח שמגיע לדומיין המפנה נשלח מיד לדומיין הראשי, כולל שמירה על נתיב העמוד (`/products/...`, `/collections/...`) כדי שקישורים ישנים ממדיה חברתית או אימיילים לא יישברו.
מבחינת SEO, redirect 301 מ-Redirect domain מעביר את ה"כוח" של הקישורים הנכנסים לדומיין הראשי — אבל רק אם ה-redirect מוגדר נכון. בחנות ישראלית שמחליפה מ-`.myshopify.com` או מדומיין ישן כמו `.co.il` לדומיין חדש, כדאי לוודא שגוגל מאנדקס את הדומיין הראשי בלבד ושאין לולאת הפניות בין שניים שמוגדרים זה כ-redirect של זה.