כשפותחים חנות חדשה ב-Shopify, כתובת בפורמט `yourstore.myshopify.com` נשמרת לצמיתות כמזהה הפנימי של החנות. כתובת זו משמשת לגישה לאדמין, לאימות OAuth, ל-Webhooks, ולקישורים הפנימיים של ה-Checkout — גם אם מחברים לחנות דומיין ממותג נפרד. Shopify מנתבת את התנועה הציבורית לדומיין הממותג ומסתירה את ה-`myshopify.com` מהלקוחות הסופיים.
בחנויות ישראליות חשוב לזכור שה-Default domain מופיע בכמה מקומות שלא תמיד רואים: כתובת שולח אימייל עסקי לפני הגדרת דומיין מותאם, URL של עמוד Password שמוצג לפני השקה, ובקריאות API שמייצרות קישורים פנימיים. לכן כדאי לחבר דומיין ממותג ולהגדיר אימייל שולח מותאם אישית מוקדם ככל האפשר.