כאשר לקוח מאשר תשלום דרך PayPal Express Checkout לראשונה, PayPal מייצרת מזהה ייחוס (reference ID) שמאוחסן בצד Shopify. בכל חיוב עתידי — כמו מינוי חוזר, חיוב מאוחר על הזמנה שחלקה היה באספקה, או Shopify Payments בתרחיש של pre-order — ה-API שולח את אותו מזהה ייחוס ל-PayPal במקום לפתוח מחדש תהליך תשלום. הפיצ׳ר לא מופעל כברירת מחדל בחשבונות PayPal רגילים ודורש בקשת הפעלה ייחודית אצל PayPal.
בחנויות ישראליות שמשתמשות ב-PayPal כאפשרות תשלום, Reference Transactions רלוונטי בעיקר עבור חנויות שמוכרות מינויים (subscriptions) או שמאפשרות תשלום בתשלומים. ללא הפעלת הפיצ׳ר, ניסיון לחייב לקוח שוב ייכשל עם שגיאה — גוצ׳ה קלאסית שמתגלה רק כשהחיוב הראשון עובר בסדר אבל החיוב החוזר נופל.