כשמסירים דומיין ב-Shopify, החנות מפסיקה לזהות אותו ולהגיב לתנועה שמגיעה דרכו — אך הדומיין עצמו לא נמחק ולא מוחזר לשוק. הוא נשאר רשום אצל ספק הדומיין (GoDaddy, Namecheap, רשמי ישראלי כמו ISOC עבור .co.il) ורשומות ה-DNS הישנות עלולות להמשיך להפנות ל-Shopify עד שמעדכנים אותן ידנית. לכן הסרת הדומיין מ-Shopify וניקוי ה-DNS הן שתי פעולות נפרדות שיש לבצע בזו אחר זו.
בחנויות ישראליות שמשתמשות בדומיין .co.il חשוב לזכור שרשומות CNAME ו-A record מנוהלות אצל ספק האחסון או הרשם הישראלי, ולא דרך לוח Shopify. לאחר הסרת הדומיין כדאי לבדוק ש-`www` ו-apex domain לא מפנים יותר ל-shops.myshopify.com — אחרת מבקרים ימשיכו להגיע לדף שגיאה של Shopify במקום לאתר החדש.