ב-Shopify Admin תחת Settings → Domains אפשר להסיר כל דומיין שמחובר לחנות. אם הדומיין נרכש דרך צד שלישי (GoDaddy, Route53, ספק ישראלי כמו אינטרנט ישיר או תדירות), ההסרה מנתקת רק את הניתוב בשופיפיי — רשומות ה-DNS אצל הספק נשארות כפי שהן וצריך לנהל אותן שם בנפרד. אם הדומיין נרכש ישירות דרך שופיפיי, לא ניתן להסירו כל עוד הוא מוגדר כדומיין הראשי של החנות.
בחנות ישראלית שמחליפה דומיין (למשל ממעבר ל-co.il) חשוב לבצע הסרה מסודרת: קודם להגדיר את הדומיין החדש כראשי, לוודא שהדומיין הישן מפנה (redirect) לחדש, ורק אז להסיר. הסרה ללא הכנת redirect עלולה לגרום לנפילת תנועת SEO ולשבירת קישורים שיתופיים ומודעות ממומנות פעילות.