Shopify לא מאפשרת עריכת פרטי כרטיס אשראי קיים בחשבון — לא מספר הכרטיס, לא תאריך תפוגה ולא CVV. הסיבה היא אבטחת PCI: הפרטים לא מאוחסנים אצל שופיפיי עצמה אלא אצל ספק הסליקה, ולכן "עדכון" הוא למעשה יצירת אסימון תשלום חדש לגמרי. התהליך הנכון הוא: ניווט לחשבון הבילינג, לחיצה על הוספת אמצעי תשלום, מילוי פרטי הכרטיס החדש, ואז מחיקת הישן.
בהקשר של חנויות ישראליות חשוב לשים לב שהכרטיס שמשמש לתשלום מנוי Shopify חייב להיות בינלאומי (Visa/Mastercard עם אפשרות חיוב בדולר) — כרטיסי דביט ישראליים מסוימים עלולים להיחסם. אם פג תוקף הכרטיס והחנות עברה להשעיה, מוסיפים כרטיס חדש תחת Billing ואז Shopify מנסה לחייב מיידית את יתרת החוב לפני שמחזירה את החנות לפעילות.