SAML (Security Assertion Markup Language) מאפשר לארגון להגדיר ספק זהות (Identity Provider) אחד שמנהל את כל האימותים. כשמשתמש מנסה להיכנס ל-Shopify Admin, הוא מנותב אוטומטית לספק הזהות הארגוני — שם הוא מזין את פרטי הכניסה הרגילים שלו (כולל MFA ארגוני). ספק הזהות מחזיר ל-Shopify אסרטציה חתומה שמאשרת את זהות המשתמש ורמות ההרשאה שלו, בלי שסיסמה עוברת ל-Shopify ישירות.
הפיצ׳ר זמין רק ב-Shopify Plus ומוגדר ברמת ה-Organization. לשופיפיי פלוס יש גם רמות אכיפה: אפשר להגדיר SAML כאופציונלי, מומלץ, או מחייב לכל המשתמשים בארגון. לחנויות ישראליות גדולות שמנהלות צוותים עם גישה לאדמין — SAML עם SCIM מוסיף שכבת אבטחה קריטית, כי הסרת עובד ממערכת ה-HR מבטלת אוטומטית את גישתו לחנות.