SCIM (System for Cross-domain Identity Management) הוא תקן פתוח (RFC 7644) שמגדיר API אחיד לניהול משתמשים בין מערכות. ב-Shopify Plus, כשמחברים ספק זהות תומך SCIM (Okta, Azure AD, OneLogin), כל שינוי בספק — יצירת משתמש, עדכון תפקיד, השהיית חשבון — מתפשט אוטומטית לאדמין של שופיפיי. כך מנהלי IT מתפעלים הרשאות ממקום אחד בלי לנהל רשימות כפולות.
SCIM זמין רק ב-Shopify Plus ובחנויות עם הגדרת ארגון (Organization). בארגונים ישראליים גדולים שמנהלים מספר חנויות (למשל חנות B2C, חנות B2B, וחנות בינלאומית תחת אותו גג) SCIM הוא קריטי: הוא מבטיח שעובד שעזב את הארגון מאבד גישה לכל החנויות בו-זמנית, בלי להסתמך על בדיקה ידנית.