ב-Shopify כל חנות מתחילה עם חשבון בעלים אחד (Owner) שיש לו גישה מלאה בלתי מוגבלת. משם אפשר להוסיף staff accounts — עובדים שמקבלים הרשאות מפורטות לפי תחום: ניהול מוצרים, עיבוד הזמנות, גישה לדוחות, עריכת תבנית, וכו׳. מספר חשבונות הסטאף שמותר להוסיף תלוי ישירות בתוכנית המנוי: Basic מאפשרת מספר מצומצם, בעוד Shopify Plus מאפשרת מספר בלתי מוגבל.
בחנויות ישראליות שמעסיקות צוות, חשוב להגדיר הרשאות לפי עיקרון המינימום — עובד שמטפל רק בהחזרות לא צריך גישה לדוחות כספיים או להגדרות תשלום. בנוסף, כשעובד עוזב כדאי מיד לבטל את הגישה שלו מ-Shopify Admin → Settings → Users ולא להסתפק בהסרה ממנהל הסיסמאות הפנימי.