ה-Shopify bill מרכז ומאחד את כל רכיבי העלות של החנות: דמי המנוי החודשי לפלטפורמה, עמלות עסקאות (אם לא משתמשים ב-Shopify Payments), חיובי אפליקציות שאושרו דרך ה-Shopify App Store (חד-פעמי, חודשי, או לפי שימוש), ודומיינים שנרכשו דרך Shopify. החיוב מתבצע באמצעות כרטיס האשראי או PayPal שהוגדרו בחשבון, ולא ניתן לחלק אותו בין ספקי תשלום.
בחנויות ישראליות ה-Shopify bill מגיע בדולרים אמריקאיים, מה שאומר שתנודות שער הדולר משפיעות על העלות בפועל. בנוסף, אפליקציות שמוסיפות חיוב חודשי משלהן מצטרפות לאותו חשבון — לכן לפני שמתקינים אפליקציה חדשה כדאי לבדוק את ה-billing model המלא שלה (ניסיון חינם, מחיר אחרי הניסיון, חיוב per-transaction) ולא להסתמך רק על המחיר המופיע בכותרת.