כשסוחר קונה דומיין ישירות מתוך Shopify Admin, שופיפיי הופכת לרשם הדומיין (Registrar) ומנהלת את רשומות ה-DNS אוטומטית. פעולות כמו חניית דומיין (parking), ניתוב לחנות, הוספת רשומות CNAME או MX לאימות אימייל — כולן מבוצעות מתוך לוח הניהול של שופיפיי, בלי להיכנס לממשק חיצוני. החידוש השנתי גם הוא אוטומטי וגובה ממכרטיס האשראי המוגדר בחשבון.
בישראל, רוב הסוחרים רוכשים דומיינים ב-`.co.il` דרך ספקים מקומיים כמו Domains.co.il או GoDaddy, ולכן הדומיין שלהם אינו Shopify-managed. במקרה כזה, ניהול ה-DNS (CNAME, A records) נעשה אצל הספק החיצוני ושינויים כמו חניית דומיין חייבים להתבצע שם. חשוב לוודא שרשומות ה-DNS מוגדרות נכון אחרי כל שינוי, ולתת עד 48 שעות להפצה לפני שמסיקים שמשהו לא עובד.