מערכת הדוחות של Shopify מחולקת לקטגוריות: דוחות מכירות (לפי ערוץ, לפי מוצר, לפי חופשי), דוחות לקוחות (לקוחות חדשים מול חוזרים, LTV), דוחות מלאי ודוחות תשלומים. ברמות התוכנית המתקדמות (Shopify ומעלה) אפשר לבנות דוחות מותאמים אישית עם סינון וקיבוץ גמישים. ב-Basic plan הגישה מוגבלת לדוחות מוכנים מראש בלבד.
בחנות ישראלית הדוחות הם נקודת ההתחלה למדידת ביצועי שיווק: מחברים UTM parameters לדוחות ערוצי מכירה ומגלים אם קמפיין אינסטגרם הביא המרות אמיתיות או רק קליקים. כדאי לשלב אותם עם מעקב קודי הנחה — כל קוד הנחה יוצר שורת דוח נפרדת שמראה כמה הזמנות נוצרו ומה ההכנסה בפועל.