כל תוכנית כוללת: גישה למאפיינים מסוימים (Basic לא מקבל professional reports; Plus מקבל Functions), עמלות עסקה (Basic 2%, Shopify 1%, Advanced 0.5%, Plus 0.15% — אם לא מחוברים ל-Shopify Payments), מגבלות staff users (Basic 2, Shopify 5, Advanced 15, Plus ללא הגבלה), וגישה ל-API rate limits שונים.

בישראל הבחירה היא בדרך כלל בין Basic ($29) ל-Shopify ($79) לסוחר התחלתי, או Advanced ($299) למחזור $3K+/חודש. ההמלצה: לעולם לא להישאר ב-Basic מעבר ל-6 חודשים — תוכנית Shopify משתלמת מהר בגלל הדוחות וה-3rd-party calculated rates.