כאשר תכונת פיצול המשלוחים מופעלת, הקופה של Shopify מזהה אוטומטית שמוצרים בעגלה ממוקמים במחסנים שונים ומציגה ללקוח מספר אפשרויות משלוח — אחת לכל קבוצת פריטים. כך ניתן לשלם על שני משלוחים עצמאיים בתוך אותה הזמנה, כל אחד עם תאריך הגעה משלו ועלות משלו, מבלי לפצל את ההזמנה ידנית.
חשוב לדעת שפיצול משלוחים לא תומך בקופות מואצות (Accelerated checkouts) כגון Shop Pay, Apple Pay ו-Google Pay — לקוח שלוחץ על כפתור קופה מואצת עוקף את מסך בחירת המשלוח ולכן לא יראה את הפיצול. בחנויות ישראליות שמשתמשות בכמה מחסנים (למשל מחסן בצפון ומחסן בדרום, או שילוב עם dropshipping), זה אומר שחלק מהלקוחות עלולים לקבל חוויית משלוח שונה בהתאם לדרך הכניסה לקופה.