כאשר חנות מנהלת מספר מיקומים (Locations) — כגון מחסן, חנות פיזית ועמדת POS — Stock transfer מייצג מסמך רשמי של תנועת מלאי: מאיפה יוצא, לאן מגיע, אילו SKUs ובאילו כמויות. עד לאישור קבלת המלאי ביעד, Shopify מתייחסת לכמות כ"בדרך" (in transit) ולא מוסיפה אותה למלאי הזמין לרכישה. הכלי המרכזי לניהול ה-transfers הוא Stocky, אפליקציית ניהול המלאי הרשמית של שופיפיי.
בחנויות ישראליות עם שילוב של מכירה אונליין ו-POS פיזי, העברות מלאי הן קריטיות למניעת מכירת יתר: אם 20 יחידות עברו פיזית לסניף אבל ה-transfer לא אושר במערכת, החנות האונליין תמשיך להציג זמינות שאינה קיימת. כדאי לקבוע נוהל ברור שבו הצוות בסניף מאשר קבלה ב-Stocky מיד עם פריקת הסחורה.