ב-Shopify Organizations (מבנה ארגוני שמאגד מספר חנויות תחת חשבון אחד), קיימת היררכיית תפקידים: Organization Owner, Organization Administrator, ו-Store User Administrator. בעל תפקיד Store User Administrator מוגבל לחנות אחת או יותר שהוגדרו לו — הוא יכול לאשר בקשות גישה נכנסות, להעניק הרשאות, ולהסיר משתמשים מאותן חנויות, אבל אין לו גישה לחנויות אחרות בארגון ולא להגדרות ברמת הארגון עצמו.
בחברות ישראליות עם מספר חנויות (למשל חנות B2C וחנות B2B נפרדות, או חנויות לפי שוק יעד), תפקיד זה שימושי כדי לתת למנהל תפעול של חנות אחת שליטה על הצוות שלו בלי לחשוף את שאר הארגון. חשוב לא לבלבל אותו עם Store Owner — לבעל החנות יש הרשאות בילינג ופעולות בלתי הפיכות שה-Store User Administrator לא יכול לבצע.