Shopify לא כוללת מנגנון מנויים מובנה — האפליקציה היא זו שמנהלת את לוגיקת החיוב החוזר, ממשק הביטול ודף ניהול המנוי ללקוח. כשמותקנת אפליקציית מנויים תקנית, מידע על מנויים פעילים מופיע אוטומטית בכמה אזורים באדמין: פרופיל לקוח, עמוד מוצר, רשימת הזמנות, הנחות ואנליטיקה — מה שמאפשר לצוות שירות הלקוחות לראות סטטוס מנוי בלי לעבור לממשק נפרד.
בחנות ישראלית כדאי לבדוק לפני בחירת אפליקציה: האם היא תומכת בסליקה חוזרת דרך ספק שמאושר בישראל, האם היא מפיקה חשבוניות אוטומטיות לכל חיוב, ואיך היא מתנהגת כשכרטיס אשראי נכשל (dunning). חלק מהאפליקציות שולחות אימייל retention בלבד, אחרות מנסות לחייב שוב אוטומטית עד שלוש פעמים — ההבדל הזה משפיע ישירות על שיעור הנטישה.