Shopify (שופיפיי) מאפשרת לחבר מאות ספקי תשלום חיצוניים דרך Payment Providers API. כשמחברים ספק כזה, Shopify גובה עמלת עסקה נוספת (Transaction Fee) שנעה בין 0.5% ל-2% תלוי בפלן — עמלה שנחסכת כשמשתמשים ב-Shopify Payments. הספק החיצוני אחראי על ה-PCI compliance שלו, על ממשק הסליקה, ועל העברת האישור חזרה ל-Shopify לצורך יצירת ההזמנה.
בישראל, שבה Shopify Payments אינו זמין, כל חנות חייבת לעבוד עם ספק צד שלישי. הנפוצים הם פאי (PAY), טרנזילה, קארדקום, ו-PayPlus. בחירת הספק משפיעה על חוויית ה-Checkout (מסך סליקה מוטמע מול הפניה חיצונית), על תמיכה ב-Apple Pay ו-Google Pay, על עמלות ועל קבלת ישראלי תקנית. חשוב לבדוק שהספק תומך ב-iDeal של שופיפיי לצורך עמוד תשלום RTL תקין.