כאשר סוחר מתקין אפליקציה מה-Shopify App Store, מרשם דומיין, או מחבר כלי שיווק חיצוני — אלה שירותי צד שלישי. ההתקשרות הכספית עם כל אחד מהם היא נפרדת: חלקם מחייבים ישירות את כרטיס האשראי, חלקם דרך חיוב ה-Shopify billing, וחלקם דרך מנוי עצמאי לגמרי. כיבוי או שדרוג מנוי שופיפיי לא מבטל אוטומטית אף אחד מהם.
הנקודה הקריטית עולה כאשר מתכננים להשהות או לסגור חנות: חובה לעבור ידנית על כל אפליקציה מותקנת, לבטל מנוי דומיין ברשם הרלוונטי (GoDaddy, Google Domains, וכו׳), ולנתק שירותי שיווק כמו Klaviyo, מערכות SMS ישראליות ופלטפורמות פרסום — אחרת החיובים ממשיכים גם אחרי שהחנות סגורה.