Shopify מגרסת את ה-API שלה אחת לשלושה חודשים ומצהירה על כל גרסה ישנה כ-deprecated לפני שהיא מסירה אותה לחלוטין. ממשקי API לא נתמכים הם אלה שעברו את חלון ה-deprecation ואין להם עוד אחריות תפקודית — פגיעה בהם עלולה להתבטא בשגיאות 404, נתונים חסרים, או עצירה מוחלטת של הפונקציונליות. אפליקציה שבנויה על endpoint שכזה לא תעמוד בדרישות הסקירה של Shopify ועלולה להיות מוסרת מה-App Store.
בחנות ישראלית הסיכון הגדול הוא באפליקציות ישנות שמותקנות שנים — אפליקציות שליחות, הנהלת חשבונות, או פידים לגוגל שלא עודכנו מאז Shopify API version 2021. לפני שמסתמכים על אפליקציה קריטית לעסק, כדאי לבדוק בדף Partner Dashboard שלה באיזו גרסת API היא משתמשת ולוודא שהיא מעודכנת לגרסה פעילה.