Shopify מעדכנת את ה-API שלה במחזורים קבועים ומחסלת גרסאות ישנות (API versioning deprecation). אפליקציה שפיתוחה הופסק או שמפתחה לא עדכן אותה תישאר רשומה כ-unsupported ברגע שהיא קוראת ל-endpoint שכבר לא קיים, או משתמשת ב-scope שהוסר. האדמין של שופיפיי מציג בדיוק אילו הגדרות בחנות אינן תואמות — למשל קריאות להזמנות בגרסת API ישנה, או webhook שרשום על event שכבר שונה.
בחנויות ישראליות הבעיה נפוצה במיוחד עם אפליקציות ישנות לניהול חשבוניות מקומיות או חיבורים לחברות שליחויות ישראליות שמפתחיהן לא תמיד עומדים בקצב עדכוני Shopify. מומלץ לסקור אחת לרבעון את רשימת האפליקציות המותקנות, להסיר כל אפליקציה עם דגל unsupported שאין לה תחליף, ולוודא שלא נשארות הרשאות פתוחות לאפליקציה שאינה פעילה.