זיכויי מנוי ב-Shopify הם קרדיט חד-פעמי שמוצמד לחשבון החנות ולא ניתן למשיכה כמזומן. הם מופיעים בעמוד החיוב תחת "Credits" ומופחתים אוטומטית מהחיוב החודשי הבא לפי סדר FIFO — הזיכוי הוותיק ביותר מנוצל ראשון. הזיכויים תמיד נקובים ב-USD, גם אם החנות מחויבת במטבע אחר.
בחנות ישראלית שמחויבת בדולרים חשוב לזכור שאין המרה לשקל — הזיכוי מקוזז ב-USD מול סכום החיוב הדולרי. כדאי לבדוק בכל פרומו (העברת דומיין, שדרוג פלאן, שותף Shopify) מהם תנאי פקיעת הזיכוי, כיוון שחלק מהם פגים תוך 90 יום ולא יוצגו כהתראה מפורשת בממשק.