בניגוד ל-Customer (לקוח קצה שקונה בחנות), User הוא בעל גישה לצד הניהולי — בעל החנות, מנהל תוכן, נציג שירות, מחסנאי. לכל משתמש אפשר להגדיר role מדויק: גישה מלאה, גישה לקטלוג בלבד, גישה להזמנות בלבד, ועוד. Shopify מתעדת כל שינוי שמשתמש מבצע ב-User management activity log — כולל מי יצר, ערך, מחק, או שינה תפקיד של משתמש אחר.
בחנויות ישראליות עם צוות מרובה (מחסן, שיווק, שירות לקוחות) חשוב להגדיר הרשאות מינימליות לכל תפקיד ולא לתת גישה מלאה לכולם. הגדרת Two-step authentication (אימות דו-שלבי) היא קריטית במיוחד למשתמשים עם הרשאות גבוהות — פריצה לחשבון אדמין יכולה לחשוף נתוני לקוחות ולהפר את הגנת הפרטיות.