ב-Shopify POS קיימים שני סוגי הנחות עיקריים: הנחות מקוד (discount codes) שנוצרו מראש באדמין, והנחות מותאמות (custom discounts) שהקופאי מזין ידנית בזמן המכירה — לפי אחוז או סכום קבוע. ההנחות המותאמות גמישות יותר אבל דורשות הרשאת staff מפורשת, כדי שלא כל עובד יוכל להעניק הנחות שרירותיות בלי אישור.
נקודה חשובה לחנויות ישראליות עם שירות אחרי מכירה: הנחות מותאמות שניתנו על פריט מקוריים חלות גם על פריטים שמוחלפים (Exchange) — כלומר הנחה שניתנה בעת הרכישה יכולה להשפיע על החישוב הכספי בהחלפה מאוחרת. לכן חשוב לתעד הנחות מותאמות בהערת ההזמנה ולהגדיר בצוות מדיניות ברורה מתי מותר להעניק אותן.