ב-Shopify ניתן ליצור החלפה ישירות מתוך עמוד ההזמנה ב-Admin, או דרך Shopify POS בחנות פיזית. התהליך מחשב אוטומטית את ההפרש בין ערך הפריט המוחזר לערך הפריט החדש — אם הפריט החדש יקר יותר, נשלחת ללקוח בקשת תשלום משלימה; אם זול יותר, ניתן להחזיר את ההפרש. המלאי מתעדכן בהתאם לשני הכיוונים.
בחנויות ישראליות שמשתמשות ב-Shopify POS חשוב לדעת שהנחות מותאמות (Custom discounts) שהוחלו על הקנייה המקורית יכולות להשפיע גם על חישוב ההחלפה — פריט שנמכר בהנחה יוחזר לפי מחיר ההנחה, לא המחיר המלא. כדאי לוודא שצוות הקופה מבין את ההשפעה הזו לפני שמאשרים החלפות עם פערי מחיר גדולים.