כפילויות בלקוחות ב-Shopify נוצרות כשאותו אדם מזדהה בדרכים שונות: קנה פעם עם `cohen@gmail.com`, פעם אחרת עם מספר טלפון בלבד ב-POS, ופעם שלישית עם `cohen@icloud.com`. שופיפיי לא ממזגת רשומות אוטומטית — כל שילוב אימייל/טלפון יוצר פרופיל חדש. הדבר פוגע בדיוק של היסטוריית הרכישות, בסגמנטציה שיווקית ובצבירת נקודות נאמנות.
בחנויות ישראליות הבעיה מחריפה בגלל ריבוי ערוצי כניסה: רכישה ב-POS בחנות הפיזית עם מספר טלפון בלבד, לאחר מכן רכישה אונליין עם אימייל. איחוד ידני אפשרי מתוך Admin → Customers → בחירת שני פרופילים → Merge, אבל כדאי לבצע ניקוי שיטתי אחת לרבעון ולהגדיר מראש מדיניות ברורה לצוות ה-POS — לחפש לפי טלפון לפני פתיחת פרופיל חדש.