כל לקוח ב-Shopify הוא רשומה מרכזית אחת שמקשרת בין כל נקודות המגע שלו עם החנות: הזמנות אונליין, רכישות ב-POS, כרטיסי מתנה, תגובות למיילים שיווקיים ומינויים. מתוך פרופיל הלקוח אפשר לראות ערך כולל של הזמנות, לשלוח קישור תשלום, להחיל פטור ממס, ולשייך לקוח לקבוצות Customer segments לצורך קמפיינים ממוקדים.
בחנויות ישראליות עם נקודת מכירה פיזית, ניהול לקוחות ב-POS מאפשר לקשר כל עסקה פיזית לרשומת הלקוח באונליין — מה שנותן תמונה מלאה על כל רוכש בכל ערוץ. חשוב לשים לב לחוקי הגנת פרטיות (GDPR ותקנות הישראליות המקבילות): ב-Shopify אפשר לסמן לקוח כ-"opted out" משיווק, ולייצא/למחוק נתוניו לפי בקשה — יכולת שחשוב לתעד כנהלי עבודה בחנות.