כל תשלום שעובר דרך Shopify — בין אם דרך Shopify Payments, PayPal, או ספק סליקה חיצוני — מקבל transaction ID ייחודי שנוצר בצד של ספק התשלומים. המזהה הזה מופיע בדף ההזמנה ב-Admin תחת Timeline, ובדוחות הפיננסיים. בעת פנייה לתמיכה של ספק התשלומים — PayPal, Stripe, או כל ספק אחר — ה-transaction ID הוא הדרך הכי מהירה לאתר את העסקה הספציפית מתוך מאות אלפי רשומות.
בחנות ישראלית שמשתמשת בספקי סליקה מקומיים (פאי, גרין-אינווויס, ויזה קאל) חשוב לזכור שה-transaction ID של Shopify ושל ספק הסליקה עשויים להיות שונים — לכל מערכת מספר משלה. בעת פתרון בעיות (למשל לקוח שחויב אבל ההזמנה לא נוצרה), חובה לתעד את שניהם: את מספר ההזמנה של Shopify ואת ה-transaction ID של ספק הסליקה כדי שניתן להצליב בין המערכות.