Shopify גובה שני סוגי חיובים עיקריים: דמי מנוי חודשיים קבועים (לפי תוכנית Basic, Shopify, Advanced או Plus) וחיובים משתנים שנצברים לאורך החודש — עמלות עסקה, חיובי אפליקציות ותוספים בתשלום. את כל אלה אפשר לראות תחת Settings → Billing, שם גם מוצגים פירוט כל חיוב, מועד החיוב הבא ואפשרות להוריד חשבוניות PDF לצרכי ניהול ספרים.
בחנויות ישראליות חשוב לדעת שהחיוב של Shopify (שופיפיי) מתבצע בדולרים (USD) גם אם החנות מוכרת בשקלים — ולכן עלות המנוי האמיתית משתנה עם שער הדולר. כמו כן, חשבוניות ה-Shopify לא כוללות מע"מ ישראלי ולא מהוות מסמך חשבונית מס ישראלי, ולכן יש להתאים את ניהול הניכויים מול רואה החשבון בהתאם.