מתוך הגדרות התשלום אפשר להפעיל ספק סליקה ראשי (Shopify Payments או ספק חיצוני כמו PayPlus, Cardcom, Grow), להוסיף שיטות תשלום ידניות (מזומן, העברה בנקאית, צ׳ק), ולהגדיר ארנקים דיגיטליים כמו Apple Pay ו-Google Pay. כל שינוי בהגדרות משפיע ישירות על מה שהלקוח רואה בקופה ובמסך ה-Checkout.
בחנויות ישראליות הגדרות התשלום הן נקודת המפגש הראשונה עם אתגרי הלוקליזציה: Shopify Payments אינו זמין בישראל, ולכן כל חנות מקומית חייבת לחבר ספק סליקה חיצוני. חשוב לבדוק שהספק שנבחר תומך ב-3DS, בתשלומים, בש"ח כמטבע ברירת מחדל, ושעמלת העסקה הנוספת שגובה Shopify (בגלל אי-שימוש ב-Shopify Payments) מגולמת בתמחור החנות.