ערוץ ה-POS (Point of Sale) ב-Shopify הוא לא רק אפליקציה לקופה — הוא ישות נפרדת במבנה הארגוני של החנות עם הרשאות משלו. עובדים שמורשים לעבוד עם הקופה הפיזית צריכים הרשאות POS ספציפיות שנפרדות מהרשאות ה-Admin הרגילות: אפשר לתת לקופאי גישה לבצע מכירות, להחזרים ולספירת מלאי בלי שיוכל לגעת בהגדרות החנות הדיגיטלית.
בחנות ישראלית שמשלבת מכירה אונליין ופיזית, ה-POS sales channel הוא הגשר שמונע פערי מלאי בין הערוצים — כשפריט נמכר בחנות הפיזית הוא מתעדכן אוטומטית גם בחנות הדיגיטלית של שופיפיי. כדאי לבדוק תאימות עם סליקה מקומית (כרטיסי אשראי ישראליים, bit) ולוודא שהגדרות המע"מ נכונות לחשבוניות שמופקות בנקודת המכירה.