כל הזמנת POS נרשמת באדמין של Shopify בדיוק כמו הזמנה מקוונת, אבל עם סימון מקור `pos` ועם פרטי מיקום (location) של החנות הפיזית. המלאי מנוכה בזמן אמת מהמיקום הנכון, ודוחות המכירות מפרידים בין הכנסות POS להכנסות אונליין. גם ניהול החזרות והחזרים (returns/refunds) נעשה מאותו ממשק אדמין.
כאשר מסירים את ערוץ POS מהאדמין חשוב להשלים קודם כל הזמנות POS פתוחות, לטפל בהחזרות תלויות, ולוודא שמנוי POS Pro בוטל בנפרד אם אינו נדרש עוד — אחרת החיוב ממשיך. בישראל, הזמנות POS שמחוברות לסליקה מקומית (כמו מסוף אשראי חיצוני) דורשות וידוא שהתשלום תואם את המעמד ב-Shopify לפני סגירת ההזמנה.