מסוף POS של שופיפיי (כגון Shopify POS Terminal ו-Shopify Card Reader) מתחבר לאפליקציית Shopify POS דרך Bluetooth או USB ומעבד עסקאות EMV (שבב), NFC (כגון Apple Pay) ומגנט. הוא מאפשר לסוחר לנהל מלאי, הזמנות ולקוחות מנקודת מכירה פיזית תוך סנכרון מיידי עם החנות המקוונת — כל מכירה מורידה מהמלאי המשותף.
בישראל מסופי ה-POS הרשמיים של שופיפיי אינם זמינים לרכישה ישירה דרך Shopify, ורוב הסוחרים משלבים פתרונות סליקה מקומיים (כגון Sumit, Priority, או מסופי חברות סליקה ישראליות) עם אפליקציות צד שלישי שמתממשקות ל-Shopify. לכן כאשר מגדירים רשת לנקודת מכירה, חשוב לוודא שה-Firewall מאפשר תעבורה לדומיינים של ספק הסליקה המקומי בנוסף לדומיינים של Shopify עצמה.